Carga de windows 98

Lo primero seria verificar si en el setup de la maquina esta correctamente instalada la unidad de cd, si es así, deberías conseguirte otro disco de inicio ya que el problema radiaca ern algún afchivo del mismo...

Aquí no hay ningún problema soft, es un problema hard; ademas la forma correcta de arrancar para instalar Win98 es desde el CD, hazte con un CD con arranque. Para tu información te diré que el problema que experimentas se debe a que el controlador de CD ATAPI no se carga, probablemente porque tu CD no sea compatible con el (bien porque no sea ATAPI, es decir que sea SCSI o cualquier otra cosa, bien porque sea muy raro) por tanto es imposible acceder al dispositivo desde DOS. Esto se remonta a los viejos tiempos de MS-DOS, cuando se crearon extensiones (MSCDEX: MicroSoft CD EXtensions) para soportar el CD (en MS-DOS 5.0 si no me equivoco) y que necesitaban de un controlador especifico para cada CD que hiciese de puente entre las extensiones y el hardware, que por aquel entonces aun no estaba normalizado.
Para otras consultas de software te recomiendo áreas de software, donde te podrán atender mejor que en las de hardware.

Puedes arrancar de 2 formas:
a) A tu diskette de arranque le falta el driver para MS-DOS del CD-ROM. Se cargan 2 archivos: uno en el config.sys del diskette (P.E. Cdrom.sys) y otro en el autoexec.bat (mscdex.exe).
b) La otra opción es más fácil: pon en la BIOS que el sistema arranque desde el CD y con el W98 metido en el lector te arrancara sin diskette.