Problema fcc

Hola:
En un pc con win 98 SE, por error, se elimino todos los ficheros (no las carpetas) de la raíz de c: por lo que no se podía arrancar al no encontrarse el sist. Operativo. Le he transferido el sistema desde un disquete (sys C:) y le he añadido a pelo el autoexec y el config. Tras un error que se producía con VFAT y que ya he podido solucionar, todo funciona perfectamente. ¿Todo?, si, excepto una cosa, y es que desde DOS, o desde una ventana DOS en win, puedo acceder a la disquetera y formatear un disquete, pero desde win (mi pc o explorador) no me deja y me da el error de que el disquete esta protegido contra escritura (cosa que no es cierta). ¿Cómo puedo solucionarlo?. Supongo que será algo del controlador de la disquetera, pero no estoy seguro. Gracias.