La diferencia entre un gabinete u otro es el tamaño, relacionado con la motherboard, que también puede ser ATX o uATX.
La ATX es la más conocida, y la uATX es más reducida en sus dimensiones, las diferencias principales es que la uATX tiene menos conectores PCI, para que veas más claro las diferencias, te pongo una fotos, junto al gabinete la motherboard que le correspondería:
Gabinete ATX con motherboard ATX:
http://www1.alternate.es/cgi-bin/info/showtechdata.pl?artnr=tqxa13con
http://www1.alternate.es/cgi-bin/info/showtechdata.pl?artnr=gqeo14Gabinete uATX con motherboard uATX:
http://www1.alternate.es/cgi-bin/info/showtechdata.pl?artnr=tqxn28con
http://www1.alternate.es/cgi-bin/info/showtechdata.pl?artnr=gqio01Fíjate en las medidas del gabinete y en las motherboard.