Mayúsculas y minúsculas en el FTP

Necesito borrar de forma automática los ficheros que me descargo vía ftp desde mi
aplicación. Cuando me conecto descargo todo el contenido, pero es muy arriegado
realizar un "mdelete *.*", pues si la descarga tarda puede llegar un fichero nuevo
mientras tanto y no seria descargado pero si borrado. Desde la aplicación genere un
fichero que contiene el nombre de todos los ficheros descargados y posteriomete
les añado delante de cada nombre la palabra "mdelete" así me aseguro de que
solo borro los descargados. El problema es que el servidior distinge mayúsculas y
minúsculas y al realizar el mget desde msdos, pone todos los nombres de los
ficheros en mayúsculas, por lo que al ejecutar el mdelete no los encuentra. No
puedo pasar todo a minúsculas pues puede haber en el fichero, tanto ficheros en
mayuculas como en minúsculas ¿cómo
puedo solucionarlo?
Gracias