Hacer FTP desde detrás de un firewall

Hola
Soy usuario de Linux y trabajo con Fedora 8 y KDE.
Recientemente he empezado a trabajar en un centro donde tienen instalado un firewall.
Dispongo de una dirección de proxy que he podido utilizar para configurar con éxito el navegador, el correo o el instalador de paquetes. También me sirve para configurar los programas que tienen que acceder a repositorios (como el lenguaje estadístico R).
El problema es que necesito conectarme vía FTP (o SFTP, ...) a algunos sitios y no se como hacerlo. Los informáticos del centro, que sólo mantienen windows, me han dicho que debo utilizar "socks" y, efectivamente, si en Windows configuro un cliente FTP para que use socks (por ejemplo Cute FTP) funciona.
El problema es que con los clientes FTP de linux no encuentro como configurar los socks, por lo que me pregunto si debe de hacerse de otra forma
Gracias por cualquier consejo