Al principio pensé que podría ser un error en los archivos comprimidos, pero como dices que a veces llega al 36 y a veces al 85% entonces no puede ser eso.
Te recomiendo probar con varios programas descompresores. Para mí el mejor siempre ha sido WinRAR, pero molesta mucho que no sea gratuito. Uno muy potente y rápido es el 7Zip, también reconoce más formatos que el WinRAR. No lo uso porque realmente no me es útil que reconozca tantos formatos. Otro puede ser el AlZip, es poco conocido pero maneja muy buenos resultados de compresión. Puedes buscar en Google otros programas que manejan este tipo de archivos. El que menos te recomiendo es el WinZip, ha evolucionado muy poco y nunca ha tenido gran renombre por carecer de buenos resultados.
Es probable con estos programas tampoco se resuelva el problema, por lo que tendríamos que mirar más a fondo. Incluso puede llegar a ser un problema de lectura/escritura en memoria o disco, que impida seguir el proceso en momentos "aleatorios". Puedes probar tú mismo a comprimir un archivo grande separándolo en varias partes (una imagen .iso por ejemplo) y tratar de unirla nuevamente como una copia en otra parte del disco. Tal vez así se evidencie la misma falla por lo que descartaríamos el problema de software.
Por otro lado, el formato FAT si afecta bastante la manipulación de archivos de gran tamaño. Primero, porque cuando se usaba no se pensó que se iban a manejar tal cantidad de datos. Segundo, cambiar a NTFS tiene ventajas en cuanto a compresión nativa de archivos en disco y velocidad de transferencia. Aquí se explican mejor las limitaciones que tiene el formato FAT. Específicamente mencionan que el límite máximo de tamaño de un archivo es de 4 GB y muy seguramente ahí esté tu problema.
Espero que en algo te sirva mi respuesta y si necesitas alguna aclaración, o si se te ocurren detalles adicionales que puedan ayudar a encontrar una solución.