Puede ser que no expulses los discos duros antes de desconectarlos. Esto puede llevar a la pérdida de datos.
Lo que debes hacer es reparar el disco duro.
Tanto windows como mac incluyen una herramienta que chequea y repara el índice del disco duro.
En mac se llama "primera ayuda" y está en las herramientas de disco.
En Windows en el icono de equipo, con el bot´on derecho sobre el icono del disco duro, ve a propiedades. Ah´i tienes la herramienta para chequear los discos.
NOTA: El formato del disco es muy importante, ya que existen formatos mas seguros y que es mas difícil perder los datos, y otros que son obsoletos y no deberían usarse. Pero que a veces se usan porque son más compatibles.