Pregunta sobre subtitulado.

Hola! Mi duda es la siguiente: yo me bajo películas de internet con los subtitulos aparte, cuando las veo tengo que hacerlo con algún reproductor como el crystal o el bsplayer. Yo necesito saber como puedo hacer para imprimir los subtitulos en el archivo de video Mpeg o similar, pero quiero saber si existe algún programa que lo sincronice automáticamente como lo hacen los reproductores ya mencionados, por que me dijeron que se puede hacer manualmente pero esto demora mucho tiempo. Después de lograr colocarle los subtitulos al archivo de video yo lo pasaría al formato de DVD con la suite Nero.
Perdón si la pregunta es muy larga pero quería ser lo más explicito posible!
Desde ya muchísimas gracias!