Problema tmpgenc

Tengo un fichero AVI que quiero convertir a MPG con el programa Tmpgenc. Todo parece correcto pero cuando reproduzco el fichero mpg (da igual el reproductor), a los 2 minutos la imagen queda congelada, y el sonido se sigue escuchando como si diera un salto a 1 minuto después. Si busco esas imágenes del minuto 2 con la barra de desplazamiento las encuentro sin problemas, y se reproducen perfectamente.
¿Alguien sabe que puede estar pasando?
Gracias