Problema al ver pelis

Hola juanjolo:de un tiempo a esta parte al reproducir pelis que tengo en el disco duro, el reproductor se para cada poco(como si se pausase) y se continua reproduciendo cada pocos minutos.He probado con varios reproductores(windows media player, reproductor de windows, power dvd)y con todos hace lo mismo.En cambio ese mismo archivo lo grabo en un cd o dvd y lo reproduce perfectamente.Por si incide en algo son pelis que me he bajado con el emule(divx y xvid)y tengo instalado el pack de codecs elisoft. Como me daba estos problemas, formatee C: que es donde tengo el s.o. Y volví a cargar xp pero sigo con el mismo problema.Las pelis y archivos que hago los tengo en D: y E:¿A qué crees que puede deberse y como podría solucionarlo?
También me pasa(por si me puedes ayudar)que cuando estoy navegando en internet cada 2 por 3 me sale un mensaje abajo a la izda. Que me dice que una ventana pop-up ha sido bloqueada. ¿Qué quiere decir esto y como lo puedo solucionar?
Muchas gracias y saludos