VirtualDub, no sé si conocerás este programa, es freeware y muy completo.
Deberías hacerte por web con algún manual, en sí es sencillo de utilizar.
Para lo que tú quieres sirve, abres el primer avi y añades el resto como segmetos de este, esto para unir trozos, eso si deben tener las mismas características de formato para unirlos de esta manera, luego es fácil cortar los trozos que tu quieras, desde la parte de abajo del programa donde tiene iconos de marcar y seleccionar partes, simplemente seleccionas con las marcas Mark in y Mark out, los dos últimos iconos a la derecha del todo y suprimes con delete, así simplemente y tantas veces como trozos necesitas borrar.
El resultado final para que sea del mismo formato y calidad debes poner en la barra de herramientas en video direct stream copy y en audio lo mismo, así no realizas cambios de ningún tipo ni comprimes el video.
Puedes ir salvado los cambios que vayas haciendo, cortes, etc... en file sabe processing setting, una vez acabes tus cambios, salva en file.
No te preocupe si ves reproducido en la ventana de la aplicación tu video con una calidad baja, es por que viene configurado para no ocupar recursos de tu CPU, el resultado de tu avi no será así tendrá la misma calidad del original, esto se cambia en Options/Preferences/Main en vez de Output color depth Fastest(16-bit) pone 24-bit (true color), esto no es necesario y si tu Pc no es potente no lo cambies, solo es para ver directamente en la aplicación la verdadera calidad de el resultado final de tu avi, de hecho yo lo tengo en fastest 16-bit.
Normalmente no es necesario que cambies configuraciones.
Si vas a crear un avi que supere 2Gb, y usas windows95/98 u otro sistema operativo que no tenga formato NTFS en las particiones de su disco duro, deberás salvar como segmentos, pues en FAT32 no te admite avis mayores de 2Gb.
Pasate por
http://www.google.com (creo el mejor buscador) y pones virtualdub, y virtualdub manuales, así conseguirás l aplicación y manuales.
Para cortar trozos este programa va de maravillas, te lo digo por experiencia, además de para capturar, comprimir avi a divx, cambiar bitrate de audio y muchas cosas más.
Suerte espero servite de ayuda