Guardar como archivo exe. En toolbook

Antes de nada realiza una prueba para comprobar que eso resuelve tu problema y la aplicación se ejecuta correctamente de esa manera. Para ello create un acceso directo que ejecute lo siguiente:
c:\windows\asym\runtime\tb60run.exe C:\MiAplicacion\Aplicacion.exe
Sustituye C:\Windows\Asym\runtime\tb60run.exe por la ruta en la que se encuentre ese archivo en tu ordenador. Puedes buscar ese archivo en tu disco duro y obtendrás la ruta. Luego sustituye C:\MiAplicacion\Aplicación.exe por la ruta y nombre del ejecutable de tu aplicación. Con eso se debería ejecutar sin problemas.
Cuando ejecutas AutoPackager llega un momento en el que te pregunta si quieres incluir el Runtime, y posteriormente si quieres que se cree un icono y se copie el runtime al disco duro cuando el usuario instala tu aplicación. Toolbook 7 trae un programa llamado InstallShield que crea instalaciones. Lo encontraras en la carpeta de herramientas ("Tools") del cd de Toolbook, se llama isx_tb_212.exe. Al final de todo el proceso de Autopackager, pregunta si quieres usar InstallShield para personalizar la aplicación. Yo recomiendo que lo uses a pesar de ser un poco más complicado. Y en el apartado de iconos y carpetas ya dentro de InstallShield, creas un icono y ahí es donde tienes que poner la ruta. Resulta bastante complicado al principio pero puedes ir jugando con todas las opciones y al final consigues un resultado que merece la pena.
Una cosa más, y disculpa que me extienda tanto. ¿Has probado a crear una aplicación en toolbook completamente vacía? Es decir, prueba a crear un libro con una única página sin fondo y un único elemento que puede ser el botón para cerrar la aplicación. Luego prueba a crear el ejecutable como lo hacías siempre y mira si te sale el mismo error que me comentas. Si no te sale puede significar que la aplicación en la que si te da el error tiene algún elemento que lo provoca. Intenta aislarlo creando un nuevo libro en el que vas copiando página a página y creando el ejecutable. Lo vas ejecutando hasta que te vuelva a salir el error. El elemento que lo causa estará en la última página que has insertado en el nuevo libro. Ves borrando elementos de uno en uno y vuelve a probar, así hasta encontrar que elemento falla.
El inconveniente de esta solución es que lleva muchísimo tiempo.
Espero haberte ayudado con todo esto. Perdona que me extienda tanto, y no dudes en pedirme una aclaración si lo necesitas.