Según lo que veo, los videos originales, tienen las características básicas para que se puedan unir en uno solo. Sin embargo, veo que el resultante es como lo describes.
También veo que la parte del video se ha multiplicado pues tiene una inmensa cantidad de frames (110.18). Para que ello suceda solo puede ser debido a alguna manipulación en las opciones del codec Xvid.
Deberás fijarte bien que no tenga opciones que alteren el resultado de una simple union.
Ademas, otra opción que puede influir en ese comportamiento es el audio ac3.
Puede parecer broma, pero el ac3 necesita codecs especiales para el vdub y vdubmod, pues en caso contrario te salen cosas locas.
Lo mas practico en ese aspecto es cambiarlo a mp3.
Si deseas probarlo, quítale el sonido a ambos y prueba unirlos así. En caso la union funcione, encontraste el error. En caso que no deberás seguir investigando dentro del codec Xvid.
Recomendaciones:
1. Revisa la pagina web 'Mundo Divx'. Tiene un inmenso apartado del uso de vdub y el xvid.
2. Prueba unirlos sinb sonido, o conviértelo en mp3.
3. Si nada de lo anterior funciona, entonces será necesario una ayuda mas directa.
Sube los videos a algún filehosting, como mediafire o minus (u otro que uses) y dame el link para descargarlo y probarlo yo.
Avisa como te va y la decisión que tomas.