¿Me puedes ayudar a estructurar mi aplicación en Java?

Por desgracia yo no uso ningún reporteador, ya que en las aplicaciones web no es muy habitual realizar ese tipo de informes, de la misma manera que las aplicaciones web no se suelen usar para llevar la contabilidad o gestión de las empresas. Para lo que es exportar tablas de datos personalizadas (ordenadas, filtradas, etc...) a excel, pdf y así uso el mismo Jmesa que te dije, que exporta las tablas a esos formatos automáticamente. Eso sí, para conseguir que funcione bien hay que tener cierto nivel de Java. El Jmesa además está muy orientado a Spring o Struts.
Ya le eché un ojo al Nitobi ese, parece estar bien pero por normal general no suelo hacer mucho caso a productos de pago cuando siempre hay alternativas muy desarrolladas de código abierto.
En el caso de una tabla de datos, el Jmesa funciona muy bien y tiene la opción (aunque es bastante compleja) de ser editable. Por ejemplo yo no usa esa opción y lo que suelo hacer es lanzar formularios en Ligthbox para editar los datos de la tabla. Pero si vas a hacer una aplicación de escritorio la filosofía es muy distinta.
El Jreport es también de pago por lo que te recomendaría el que se usa más de código libre, el Jasper Reports:
http://jasperforge.org/website/jasperreportswebsite/trunk/index.html?group_id=252
Y algunos enlaces de ayuda sobre él:
http://www.chuidiang.com/chuwiki/index.php?title=Ejemplo_b%C3%A1sico_con_Jasper_Report
http://www.forosdelweb.com/f45/jasper-report-basico-499214/
http://www.dosideas.com/wiki/JasperReports

Hola, Gracias por los links.
Sabes tal vez lo que te pregunte este asociado a lo que voy a desarrollar y tu eres experto en la materia me des un alcance. Gracias de antemano.
Estoy realizando una aplicación que procese datos, emita reportes y realice mantenimiento de registros; algo así como un mantenimiento de cambio y aplicación de aceite a flota de unidades automotoras, por ello he instalado el netbeans para trabajar en java y el oracle 10 xe para finalmente emitir unos reportes que arrojen la fecha de cambio y el próximo mantenimiento.
Te agradecería si me dieras alcance de tutoriales que realicen el mantenimiento a registros a nivel java y con netbeans utilizando las herramientas anteriormente mencionadas. Mi producto final sera una web que procese datos y emita reportes como los del reporteador Jmesa.
THANKS