Ejecutar archivo desde java

Mi pregunta es si la única manera de ejecutar archivos desde java es con:
Process programa = Runtime.getRuntime().exec("cmd /c C:\\CoCoA\\cocoa.exe");
Tengo un problema al ejecutar dicho archivo, que pertenece a un software llamado CoCoA y no entiendo la razón, porque otros archivos en la misma carpeta sí que se ejecutan. Es más, si hago doble click sobre el archivo cocoa.exe, hace la operación correctamente, pero si lo hago desde Java no hay manera.
También he probado creando un archivo bat que contenga la ruta arriba especificada. Si ejecuto el bat haciendo doble click sobre él funciona perfectamente, pero si ejecuto el bat con la instrucción de arriba, vuelve a no hacer nada.
Decir también que he probado en varios ordenadores y varias actualizaciones del programa CoCoA y ocurre lo mismo siempre.