FOROS en Java/JSP

Estaba escribiendo la respuesta y he cerrado la ventana sin querer, así que seré más breve ahora O:)
Para hacer un foro en JSP (o servlets que es lo mismo a fin de cuentas) lo más fácil es usar una base de datos (mírate JDBC, se usa igual que desde cualquier programa en java). En la BD metes directamente el texto del mensaje, o bien referencias a ficheros si los mensajes van a ser enormes o vas a meter imágenes -pero no es lo normal :).
Deberás mantener para cada mensaje el área temática en el que lo vas a insertar (si sólo se puede asociar a una) y darle una referencia única para identificarlo (a partir de la fecha/hora de inserción, por ejemplo). Cuando la gente responda a un mensaje tendrás que poner a qué mensaje hace referencia. De este modo tendrás un árbol de respuestas (sin ciclos).
Si vas a tener muchos accesos (lo deseable) lo mejor es meter un pool de conexiones, de manera que por cada acceso no tengas que crear una nueva conexión. Con el pool se gestiona un número fijo POR de conexiones siempre abiertas entre las peticiones (se encolan las peticiones si sobrepasan POR, o se aumenta/disminuye X dinámicamente, etc.) Hay muchos pools ya hechos por si no lo quieres crear tú.
Creo que ya está. Sobre cualquier cosa de estas que tengas dudas, buscas en google y a ver qué te dice. La página de sun también ayuda mucho.
http://www.google.com
http://java.sun.com