Yo donde mas puedo ayudarte y orientarte es en Java que es el lenguaje que mas controlo.
Generalmente un sistema de información lo que requiere es un buen sistema de bases de datos, esto es, básicamente lo que hace es obtener información de diferentes sectores de la empresa (compras, ventas, comercialización, productos... etc) y los contrasta.
Por poner un ejemplo, cruzo las BBDD de compras, ventas y comerciales, y me doy cuenta de que compro mucho mas material del que vendo y ademas uno de mis comerciales apenas vende nada.
Toda esa información debería aparecer en un cuadro de mando, de manera que tu jefe (o la persona a la que va dirigida la aplicación) sea capaz de un solo vistazo obtener la suficiente información como para poder realizar acciones que mejoren en negocio, o como mínimo para saber como va la empresa/negocio.
No se si me he explicado bien.
Sobre Java, ¿qué conocimientos tienes? ¿Sabes hacer java en modo MVC (Modelo Vista Controlador), esto es, Java Web?