Manjo de arhcivos

Mi estimado denciso tengo un problema con el manejo de archivos estoy haciendo un programa tipo outlook guardo cada mensaje en una colección así tamebien los archivos adjuntos a la ora de decodificarlos ya que están codificados en base64, si el archivo es muy grande y lo guardo con archivos secuenciales y con archivos de arrys al momento de gurdarlo me pone un renglón de menos
Y ya no puedo abrir el archivo.
Espero puedas ayudarme.
Gracias de antemano
Atentamente. Chowis