Comando Shell (Ventana MS-DOS)

Buenos días.
Tengo una aplicación que te crea un bat (temporal) y con el comando shell ejecuta dicho bat. Pues bien, cuando terminal la aplicación todos los archivos temporales creados (bat) se eliminan. Mi problema está en que, he cambiado de sistema operativo de NT a 2000. Con NT no había problema porque cuando te lanza el bat con el shell, cuando terminaba la ejecución, la ventana de ms-dos se cerraba sola. En 2000 no. En 2000 te deja la ventana abierta hasta que matas la tarea a mano. Y claro cuando llega el punto donde elimina los temporales, casca porque el archivo está en uso, lógico y normal cuando esta la ventana de MS-DOS activa. Hay alguna manera, con el comando shell u otro comando, ¿qué cuándo te abra la aplicación en MS-DOS te la cierre cuando termine la ejecución? ¿Se os ocurre algo? Gracias de antemano.