Supongo que te refieres a mandar mensajes a través de internet, ¿no? El net send sólo funciona en redes locales porque utiliza el protocolo netbios. Depende de un servicio que se llama "messenger" (o "mensajero" si tienes una versión en español de windows) que se debe estar ejecutando en los dos ordenadores y funciona por el puerto 139 que el que utiliza NetBios no sólo para el net send sino para compartir archivos y muchas otras cosas.
Para hacer un programa que mande mensajes de un ordenador a otro pues se hace igual que cualquier otro tipo de servicio de red. Necesitas que en cada ordenador haya un programa que abra un puerto y esté escuchado a que le lleguen mensajes desde otro ordenador. Hay un cliente (el que manda el mensaje) y un servidor (que es el que debe estar escuchando). En ésta página explica como se hace un servidor y un cliente paso a paso.
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/winsock/winsock/getting_started_with_winsock.aspEsto es haciéndolo a pelo en C, no sé que lenguaje piensas usar pero seguramente habrá una forma más amigable de hacerlo, por ejemplo en Delphi la hay.
De todas maneras, ¿seguro qué quieres hacértelo tú? Si ya está todo inventado! Hay muchos programas que hacen eso, el messenger de yahoo, el de msn, icq,... estos para internet. Si quieres uno que te haga un interface fácil para el net send también los hay (
http://www.webattack.com/freeware/network/fwnetworkmessage.html) De todas maneras como ya te dije esto sólo te funcionarán en la red local.