Ayuda Active Directory

Hola experto,
Estoy intentando crear un árbol de dominios.
En este árbol tendríamos un dominio principal y querríamos ahora añadir dominios secundarios por cada departamento.
Si no me equivoco, necesitaríamos un servidor por departamento para que gestionase el dominio secundario correspondiente. Al configurar el Active Directory tendríamos que indicar que se trata de un dominio secundario y configurarlo.
El problema es que nos gustaría seguir almacenando los datos en el servidor que actúa de controlador del dominio principal, ya que es ahí donde están programadas las copias de seguridad de datos, correo, etc, etc...
Mi duda es si podríamos gestionar los usuarios y el dominio de cada departamento desde cada controlador de dominio para ese dominio secundario, pero seguir usando de servidor de datos y correo el controlador del dominio principal.
Nuestro sistema corre bajo win2000 en todas las workstation y bajo win2000Server los servidores.
Gracias por tu atención,
Néstor Escribano