Ayuda con la ejecución de un programa en windows 98 desde windows nt en una lan peer to peer

No me queda muy clara tu pregunta, pero me voy a arriesgar:
1. En este caso el win98 va a hacer el papel de "servidor de archivos". Para esto tienes que tener instalado el "Compartir archivos e impresoras", en Propiedades de entorno de red. Pinchas en el botón Compartir archivos y marcas "Permitir a otros usuarios...".
2. En la carpeta donde resida el programa que quieres, botón derecho, compartir.
3. Desde el nt, captura una unidad de red al recurso compartido del 98. Mi PC, botón derecho, Capturar unidad de red.
4. Ya tienes el recurso en el nt, en principio ya puedes ejecutarlo... Sin embargo, si se trata de un programa que use el registro de windows para almecenar algún dato interno, la cosa se complica bastante (el registro es propio de cada maquina, y depende del programa en concreto que quieres ejecutar... como funciona el programa, que es lo que quieres conseguir al ejecutarlo en la otra maquina, etc (me imagino que querrás mantener datos comunes al ejecutar el mismo soft desde las dos maquinas,...
Como te decía al principio, la pregunta no queda muy clara, y no puedo profundizar más, no se si esta respuesta es lo que buscas.
Otra alternativa: Existe un software (WinVNC) que sirve para estar viendo en un ordenador lo que haces en el otro, de hecho, te permite asumir el control del otro, como si estuvieses en el. Los programas se ejecutan en el segundo ordenador, pero las pantallas se muestran en el primero. Quizá es esto lo que buscas, no lo se.
Concreta el problema si no te sirve la respuesta.