Respuesta de kristjansoul
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Si el FDISK te muestra la partición... podes eliminarla tranquilamente... después creas una partición primaria nueva, que va a ser FAT, pero cuando reinstales el XP la convierte a NTFS
¿No importa si el archivo es NTFS, y no fat 32 que es el sistema de archivos de sistema de windows 98
Lo único que tienes que hacer es iniciar la PC con un disco de inicio de Windows 98, ejecutas ele FDISK y eliminas la partición, después creas una nueva, y luego formateas el disco.
