Subsistema ms-dos 16 bits

Oye una preguntota cuando inicio windows xp profesional cuando acaba de cargar todods los programas me aparece un re cuadro que dice: c:\WINDOWS\SYSTEM32\AUTOEXEC.NT
El archivo de sistema no es apropiado para ejecutar aplicaciones MS-DOS y windows. Elija cerrar para finalizar la aplicación ahí termina el texto y aparecen dos botones una dice cerrar y el otro dice omitir. Pero como estoy programando en C cuando corro el compilador no lo abre y aparece otra ves ese mensaje como puedo solucionar mi problema, más bien que hago para que no me aparezca ese mensaje y puedo correr aplicaciones de MS-DOS, ya re instale windows xp pero al terminar de reinstalar si funcionaron las aplicaciones en ms-dos pero la reinicie y me volvió a aparecer el mensaje espero tu respuesta pronto GRACIAS POR TU ATENCIÓN