Partición en xp profesional

Vamos a ver si puedo serte útil
Debes acudir al panel de control de tu windows XP y cambia a modo vista clásica, puesto que así será más sencillo que encontremos las categorías que nos interesan.
Una vez cambiado el panel de control a la vista clásica accede al siguiente icono:
* Herramientas administrativas
Un vez dentro de las herramientas administrativas ves a el icono:
* Administración de equipos
Verás en la sección ADMINISTRACIÓN DE DISCOS las particiones que no has formateado.
Selecciona la que desees formatear, botón derecho formatear y ahí le dices si deseas que esté en NTFS o en FAT32.
Cuando la partición esté formateada te cambiará de color y aparecerá como una unidad más en MI PC y con la letra que le asignaste al formatearla.
Espero haberte sido útil. Si tienes más dudas o no te sale, pregúntame

He hecho lo que me has dicho pero al pulsar el botón derecho del ratón la única opción que me sale es la de ntfs y no me da otra
El sistema operativo es xp profesional sp2

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Bien, podemos probar otro método.
Supongo que tienes el disco de instalación.
Insértalo y arranca como si fueses a iniciar un proceso de instalación de windows.
Cuando llegues al punto de las particiones, accede a la que te interesa por el menú de pantalla diciendo "Crear partición" y formatearla con formato FAT32.
Acabado el proceso NO instales windows y cancela la instalación. Reinicia y en MI PC debería aparecerte la nueva instalación con formato FAT32.
Otra opción es en MI PC si ya la has activado desde herramientas administrativas es que le des al botón derecho y pruebes la opción FORMATEAR a ver si te deja cambiar a FAT32.
Un saludo
Tenme informado de como va el proceso a ver si le encontramos solución.
Lo del disco de instalación es drástico pero efectivo.
Cuidado y no toques tu partición de sistema.
Saludetes.

Lo he intentado de las dos formas: desde Mi pc vuelve a darme la única opción formatear NTFS, también he probado con el disco de instalación y me da el siguiente mensaje literal:
La partición esta llena, dañada, no formateada o formateada con un sistema de archivos incompatible.
Para continuar, el programa de instalación de Windows debe formatear esta partición.
E:particion 3 (desconocida) 50619 mb (50618 mb en disco 152626 mb 0en id 0 en bus 0 en atapi [mbr]
Advertencia:si formatea la partición se eliminaran los archivos contenidos en ella.
Use las teclas de dirección arriba o abajo para seleccionar el sistema de archivos deseado y presione entrar
si desea seleccionar otra partición para windows xp presiones esc.
Formatear la partición utilizando el sistema de archivos ntfs (rapido)
Formatear la partición utilizando el sistema de archivos ntfs
También he probado a eliminar la partición y volverla a crear pero me sigue dando las mismas opciones.

Veo que va hacer falta sacar la artillería pesada.
Solución al rescate. Esta partición se nos está resistiendo, pero vamos a demostrarle que somos más listos que ella. A saber.
Agenciate un disco de arranque de ms-dos 6.22 (Creo que los discos de arranque de windows 98 también sirven para lo que vamos a hacer).
Lo importante es que contenga el comando FDISK.
Habilita en la BIOS el arranque desde DISKETTE de 3 1/2 y acto seguido reinicia con el diskette insertado.
Cuando arranque tu PC en vez de windows te aparecerá una pantalla que pone iniciando MS-DOS 6.22 (o windows 95/98) depende del disco de arranque que consigas.
Cuando te devuelva al inductor del sistema, es decir al intérprete de comandos en A: escribe lo siguiente
FDISK
Te aparecerá un programa de MS-DOS para controlar tus particiones.
CUIDADO, no selecciones eliminar unidad lógica sino crear partición.
Cuando selecciones crear partición verás que te pregunta cual quieres crear.
Le dices la de 50619 mb.
Te preguntará si deseas habilitar los discos grandes.
Dile que si.
Una vez creada, quedate con la copla de la letra que se le ha asignado. (Probablemente sea E:)
Sal del FDISK con la opción que tiene el programa.
Cuando estés de nuevo en el inductor del sistema reinicia.
CTRL+ALT+SUP (para reiniciar).
CON EL DISKETTE DENTRO, no lo saques.
Volverás a arrancar en modo MS-DOS 6.22
Cuando estés de nuevo en el inductor del sistema A: teclea lo siguiente
Format e:
Y presiona intro.
Te advertirá de que se va a formatear el disco.
Dile que si... y a formatear hasta que acabe.
Una vez formateado, de nuevo reiniciar con CTRL + ALT + SUP y saca el diskette.
Arranca normalmente con windows XP y en MI PC debe aparecer E: formateado en FAT32.
Vamos a ver si ahora tienes más suerte.
Un saludete. :-D
(Tenme informado... a ver si lo solucionamos).

Me gustaría que me dijeses si te ha funcionado o no.

Muy buenas, perdona por mi tardanza en la contestación pero tuve que viajar y hasta hoy no me he podido poner manos a la obra.
He probado tu ultima solución,
Un poco acojonado eso si. En principio el Fdisk no me da todas las particiones del disco que tengo 3 una con NTFS y otras dos sin formatear pensaba en poner en una de ellas LINUX y el la que me faltaba ponerse la partición FAT32.
No me deja crear una partición puesto que las particiones que tengo no la NTFS si no las otras dos me las esta considerando extendidas del DOS me da bastante yuyu cargarme una partición extendida no vaya a ser que me cargue la información del disco NTFS.
No se si podrías ser un poco más concreto cuando dices crear partición, quieres decir partición primaria del dos, extendida, tengo que borrar la extendida y crearla como primaria, en fin no se, lo que consideres para que quede esto un poco más claro pues el FDISk me hace preguntas que me desorientan.
De todas formas te agradezco muchísimo tu interés.