Limpieza de virus

Si no usas ningún archivo de su disco duro es bastante improbable, yo diría imposible, pero recuerda de no tocar nada.

Definitivamente SI, corres peligro de contagiar tu PC. Lo lógico sería que tu amigo instalara un antivirus o por lo menos una de esas herramientas online para desinfectar.
Te puedo recomendar el Avast. Puedes descargarlo desde www.avast.com te dan una versión full por un año...

Una de las funciones importantes e indispensables de un antivirus es que no permite que te infectes tan fácilmente y detectar a tiempo la eliminación del virus. Así como tu sin problemas analizas discos flexibles sin contagiarte, de igual forma ocurre si pones un hdd esclavo, el antivirus lo analizara, si encuentra algo raro te lo informara.
Por lo tanto no puedes infectarte ya que son discos por separado y aparte tu protección antiviral es la máxima así que no hay de que preocuparse, yo como técnico he tenido que hacer seguido este tipo de maniobras verificar en hdd de mis clientse que sus discos estén sanos, y yo no he sufrido ningún tipo de contagio.
En resumen te diré que no te infectaras tan fácil como piensas pues es como si examinaras un CD o un disco flexible.