Yo kreo ke kualkier antivirus esta kapacitado para limpiar kualkier memoria. Kaspèrsky, Avast, AVG... etc.Yo mismo uso el kaspersky y si kiero examinar algo me bajo el kaspersky on line. Hace un eskaeno de todas las memorias koenktadas a la PC y aparte de informarme me lo deja limpio.
Obviamente no todos son infalibles. A veces se eles escapa alguno.
Lo complemento con otros limpiadores seguros.
El lavasoftusa Ad Aware ke ataka muy bien a lso troyanos especifikamente.
De todas formas encontré uno especifico dicen para pendrives. No lo he usado.. así que no te puedo dar garantía de que funcione bien. Si tienes alguna memoria que quieras limpiar y la info que tengas dentro no sea importante.. por probar nada se pierde. Al parecer lo llevas en el mismo pendrive y escanea los archivos antes de que se asienten. No esta nada mal la idea.
http://portableapps.com/apps/utilities/clamwin_portableAki te dejo los enlaces de los ke hablamos antes.Saludos y suerte