Espero que este enlace te ayude:
http://www.chez.com/nauj27/linux/fat32exp.htmO esto:
Como instalar varios sistemas operativos en un mismo ordenador
Desde una partición primaria (con Windows 9X), se puede instalar directamente Windows 2000 en una unidad lógica de la partición extendida (hay que elegir [Instalación limpia] e indicar luego la ubicación desde donde irá la carpeta WINNT).
Si la decisión es instalar Windows 2000 con FAT o FAT32 por algún motivo o por equivocación, desde la línea de comandos de Windows 2000 se puede convertir la partición a NTFS: "convert D:/FS:NTFS/V", donde "D" es la letra de la unidad y las barras no son invertidas.
Si la partición ya es NTFS, se crea un disquete de reparación mediante el agregado de los archivos boot.ini, ntdetect.com y ntldr (que se crearon en la raíz de la partición primaria). El disquete pasa a ser booteable e iniciará Windows 2000 aun cuando se haya formateado la partición primaria y/o activa del rígido. El disquete de reparación de Windows 2000 se hace desde [Informe de sistema].
Un poco más avanzado es el método consistente en crear una segunda partición "primaria" en lugar de la extendida (con Partition Magic 5.0, 6.0, o con FIPS) e instalar Windows NT o 2000 en esta partición. En este caso, también se puede copiar los archivos boot.ini, ntdetect.com y ntldr en la raíz de esta segunda partición, luego, anular la pantalla de doble booteo de Windows (con el comando SYS C: desde el disco de arranque de Windows 98). Como las dos particiones son primarias, se puede elegir con qué sistema operativo arrancar y ocultar el otro (eligiendo la partición activa con FDISK); o se puede reinstalar cualquiera de los dos Windows sin perder el otro.
Para recuperar la pantalla de doble booteo original en caso de reinstalar solamente Windows 98 en la primera partición (que deberá estar activa), hay que comenzar nuevamente la instalación de Windows 2000 (desde Windows 98 ya reinstalado) y elegir [Reparar una instalación de Windows 2000]; cuando se llegue a la pantalla que concede esta opción (más adelante pedirá el disquete de reparación de Windows 2000). Con el disquete de reparación/booteo siempre se puede acceder a Windows 2000.
Para reinstalar solamente Windows 2000 en la segunda partición primaria, hay que formatearla desde Windows 98 (con Partition Magic ) y luego instalar Windows 2000 normalmente.
No sólo se puede instalar la combinación Windows 98 y 2000; también puede ser Windows 98 y Windows 98, y usar uno de los dos para pruebas, o Windows 98 y Windows Me. Hasta es posible agregar una tercera partición primaria e instalar un tercer sistema operativo (en este último caso, quizás sea más conveniente crear una pantalla para el triple booteo con el soft Boot Magic, que viene incluido en Partition Magic 5.0 o 6.0).
Suerte
Ice