Unir fotogramas de videos

Me gustaría saber si existe algún software que me permita, de forma rápida y sencilla, unir uno a uno los fotogramas de dos vídeos distintos de modo que se proyecten en un solo fotograma.
Se trata de posicionar el fotograma primero de un vídeo en la parte izquierda de la pantalla por ejemplo y a su lado, en la parte derecha, el primer fotogramas del segundo vídeo, y así sucesivamente para todos los fotogramas, de modo que al visionar el vídeo resultante viéramos dos semimitades de la pantalla cada una con una escena distinta, algo así como lo que se puede ver en tantas escenas de la película "La Soledad" de Jaime Rosales o en el vídeo http://www.vimeo.com/4428549 .
Evidentemente, los vídeos a unir de este modo tienen exactamente las mismas características, tamaño de fotogramas, los mismo fotogramas por segundo, la misma codificación, bitrate, etc.
Sí que lo he conseguido, con buenos resultados, descomponiendo cada vídeo en tira de imágenes utilizando el filtro deflicker en Virtual Dub, tratando una a una las imágenes resultantes con Photoshop y volviendo a recomponer el vídeo, pero es demasiado costoso (para unos vídeos de 3 minutos a 25 FPS me obliga a tratar 900 imágenes, 450 de cada uno).
Gracias por vuestra atención