Hd

Voy a partir de la idea, que el HD duro esta en buen estado y que el PC lo reconoce y que quieres instalar MS-DOS y que no tiene Unidad de CD.
Considerando que el PC, es un poco viejo, buscate una PC que tenga DOS, mete un Diskette Virgen, y lo formateas:
C:> Format a: [Formatea el Disco A:]
C:> Sys a: [el pasa el sistema A:]
Con ese disco arrancas, el PC 486DX2,
primero prueba a ver si pasa el sistema operativo:
A:> Sys C:
Si no te funciona, formatéalo:
A:> Format C: y después le pasas el sistema operativo.
En condiciones normales, el PC 486 debería arrancar sin ningún problema y después poder instalarle algún SO de la época (Windows 3.11 o 3.1).
Si te hace falta más ayuda avisame!
PD: existen sistios de avandonaware, donde puedes encontrar el DOS 6.11
Suerte!
XD

Pues lo que necesitas es meterle una partición al disco. ¿Cómo hacerlo? Mi más encarecido consejo es que si puedes instalarle un sistema operativo desde un CD lo hagas. Simple y llanamente metes un sis op en el CD y arrancas el ordenador y este al detectar el sis op ya te arranca desde el CD y te lo instala en el disco duro. Solucionados tus problemas.
Si no puedes hacer nada de eso porque no tienes CD o no dispone de la función de arranque de inicio, normalmente sí dispondrías de ella (modificando en la Bios cual quieres que sea la primera unidad que lea y seleccionando ahí el CD). Lo que debes hacer es con un disco de inicio con MS-DOS meterle una sentencia sys c: lo que pasaría a tu disco duro los archivos de sistema necesario para empezar a trabajar.
Esperando haberte sido útil,
un saludo,
kasiyo

Te recomiendo no solo copiar los archivos, si no, instalarle el sistema operativo MS-DOS 6.0 o superior, para que tenas todas las funcionalidades, y si solo quieres los archivos, todos los archivos de un Disco de Inicio, son necesarios. Copiarlos a la partición primaria. Y funcionará.