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Pues lo que necesitas es meterle una partición al disco. ¿Cómo hacerlo? Mi más encarecido consejo es que si puedes instalarle un sistema operativo desde un CD lo hagas. Simple y llanamente metes un sis op en el CD y arrancas el ordenador y este al detectar el sis op ya te arranca desde el CD y te lo instala en el disco duro. Solucionados tus problemas.
Si no puedes hacer nada de eso porque no tienes CD o no dispone de la función de arranque de inicio, normalmente sí dispondrías de ella (modificando en la Bios cual quieres que sea la primera unidad que lea y seleccionando ahí el CD). Lo que debes hacer es con un disco de inicio con MS-DOS meterle una sentencia sys c: lo que pasaría a tu disco duro los archivos de sistema necesario para empezar a trabajar.
Esperando haberte sido útil,
un saludo,
kasiyo

Voy a partir de la idea, que el HD duro esta en buen estado y que el PC lo reconoce y que quieres instalar MS-DOS y que no tiene Unidad de CD.
Considerando que el PC, es un poco viejo, buscate una PC que tenga DOS, mete un Diskette Virgen, y lo formateas:
C:> Format a: [Formatea el Disco A:]
C:> Sys a: [el pasa el sistema A:]
Con ese disco arrancas, el PC 486DX2,
primero prueba a ver si pasa el sistema operativo:
A:> Sys C:
Si no te funciona, formatéalo:
A:> Format C: y después le pasas el sistema operativo.
En condiciones normales, el PC 486 debería arrancar sin ningún problema y después poder instalarle algún SO de la época (Windows 3.11 o 3.1).
Si te hace falta más ayuda avisame!
PD: existen sistios de avandonaware, donde puedes encontrar el DOS 6.11
Suerte!
XD

Te recomiendo no solo copiar los archivos, si no, instalarle el sistema operativo MS-DOS 6.0 o superior, para que tenas todas las funcionalidades, y si solo quieres los archivos, todos los archivos de un Disco de Inicio, son necesarios. Copiarlos a la partición primaria. Y funcionará.