Problema con disco duro

Saludos,
Tengo un problemas con mi disco de 40GB Maxtor, ¡Me muestra sólo 32.274 MB (31,9GB)!
Lo que pasó es que mi hermano estaba usando windows XP(tengo 2000 en C: y tenía XP en D:)...
Y cuando me lo pasó al lado del reloj aparecía un mensaje como de advertencia que decía (no me acuerdo mucho) "Error de escritura demorada" y un texto abajo que mostraba una carpeta que casi siempre era el del usuario pero no lo podía leer, ocurría con cualquier programa que abriera, sólo podía abrir el menu inicio... Y me salía el susodicho mensaje...
Así que formatie el disco( no se me ocurrió otra cosa) y traté de instalarlo de cero pero me lleve la sorpresa de que el disco no me mostraba los 40GB sino los que puse más arriba.
Probé formateando varias veces pero es inútil y no se me ocurre otra solución, en este momento solo estoy con win2000, ah, a apropósito cuando ponía el cd de instalación(puedo bootear con el) me salia una pantalla que me daba las siguientes opciones(ya había instalado XP):
- COntinuar con la instalación anterior de Windows XP
- Instalar Windows XP en una nueva partición(instalación nueva)
- Salir F3
¿Qué pasa?
¿Qué significa poner una partición ACTIVA?
¿Qué puedo hacer? Se puede resetear un disco, como la BIOS, o sea moviendo el jumper que trae el disco para ponerlo como maestro o esclavo...
Por favor es muy urgente arreglar este problema...
De antemano gracias