Estuve buscando y encontré esta página
http://www.iespana.es/dvdtocvcd/programas.htm aquí lo que te conviene hacer es bajar el virtualDub y el que dice Subtitler que es un filtro que va en el virtualdub con el que combinas los subtitulos y la película, aunque es muy bueno para unir la película y los subtitulos lo malo esta en que el virtualdub trabaja solo con .avi pero, igual y después lo conviertes a otros formatos con cualquier software como los de la respuesta anterior. Por lo que tu película inicial en la que vas a trabajar debe ser avi, este filtro solo acepta subtitulos en formato .ssa que puedes buscar en páginas de divx o de subtitulos o si prefieres subtitular desde cero por tus propios méritos puedes usar el subtitle workshop que maneja la mayor cantidad de formatos de subtitulos existentes, con lo que ya puedes buscar más programas que lean y sincronizen los subtitulos con la película (tipo dvd multiidioma), o puedes pegar el texto directo a la imagen como te explico al principio (virtualDub + filtro) aquí pongo la página del subtitle workshop aquí también se encuentra un visor (imagen + subtitulo)
http://urusoft.cjb.net/ epero que te sirvan los enlaces