Virus en archivos de sistema

Me da la impresión que el virus que te infectó, ha "tocado" el registro de Windows y por esa razón debe haber creado algún valor que le indiqué al sistema buscar bien un "archivo diferente" o bien un archivo "en otro sitio" y en cualquier caso el sistema allí no encuentra nada (por eso no estás solucionando nada "reemplazando" los archivos originales "modificados" en su ubicación original). Para hacerlo sería preciso eliminar las nuevas claves que ha creado el virus (binarias y/o hexadecimales) y restaurar las antiguas. Creo que así automáticamente Windows volvería a la normalidad.
Quiero que entiendas que te estoy hablando en modo puramente "hipotético"; es decir, si existen más de 50.000 virus diferentes y cada uno realiza acciones diferentes en cuanto a lo que toca en el sistema, archivos de sistema (config.sys; autoexec.bat; system.ini, etc) y el propio registro, es, desde un punto de vista real, <<completamente absurdo>> el pensar que pueda tener una idéa "exacta" (o incluso aproximada) de lo que te ha hecho el virus.
Por todo ello, si no tienes experiencia en andar en el registro, conocimiento de valores binarios, hexadecimales y lo que hace más o menos cada cosa comprenderás que tus posibilidades de reparar el registro se reducen muchísimo.
Cuando realizás una re-instalación de Win98 por encima de otro ya existente "aquello" (los valores de programas instalados y hardware existente) que figuraba en el registro en primer lugar "es respetado" (o sea no es borrado) por lo que espero que comprendas que no puedes solucionar nada sin tocar el registro. Mis conocimientos del registro de Windows son muy limitados y lo primero, antes de tocar nada, es que es necesario que sepas que es lo que ha "tocado" el virus. Por otra parte el tocar el registro es "peligroso" (sobre todo si el que lo hace no sabe lo que está haciendo) puesto que: 1/no existe el comando deshacer y 2/una simple inversión de dos valores como pueden ser " y % te puede ocasionar que el sistema no arranque más y tengas que formatearlo todo.
Mi consejo: Utiliza otro disco duro para limpiar todo el sistema; copia a continuación los datos (Word, Excel, txt, avi, mp3) que quieras salvar y formatea e instala todo de nuevo en el disco contaminado.
Si no te gusta lo que te acabo de decir puedes intentar también esto: buscas información del "virus concreto" que te ha infectado, en todas las páginas Web de fabricantes de antivirus y mira las diferentes soluciones y consejos que dan para su limpieza. En algunos casos es imposible restaurar un sistema. Con este segundo consejo no sé si conseguirás reparar tu sistema pero de lo que si estoy seguro ES QUE PUEDES PREPARARTE PARA DEDICARLE TIEMPO A LA TAREA.
Una última cosa, como consejo final sobre sistemas operativos: en la informática necesitas saber "mucho" de tu sistema SOLO para que puedas corregir ALGUNOS de los MUCHÍSIMOS problemas que causa el software de todo tipo en cualquier equipo. Si quierer poder ir "arreglando" cosillas ya puedes cogerle gusto a la lectura, comprar libros y consultarle a gente que sabe más que tú.