Problemas con Windows 2000

Este fin de semana he estado intentando cargar w2000 profesional en mi pc(tenía W98) pero he tenido varios problemas.
1º me ha convertido C en formato NTFS (posiblemente cuando me pidió si quería convertirlo le dije que si)
2º no me funciona bien la capturadora de TV
3º en varias ocasiones cuando he abierto un programa me ha salido un pantallazo azul indicándome que se estaba "volcando a memoria física" (sic) cuando llegaba a 100 % el disco se reiniciaba.
He intentado volver a convertir el disco formateándolo, pero no me deja y cuando intento arrancarlo con un disco de W98 de arranque, no me reconoce el disco c: en NTFS.
Tengo varias preguntas :
1º ¿Puedo volver a convertirlo en FAT32 o es mejor dejarlo así?
2º.-¿Cómo puedo hacer para formatear C:y dejarlo listo para volver a cargar todo?
3º.- El disco duro tengo una partición en FAT32 ¿Influye?