Problemas con instalación dual

Hola experto: He intentado instalar Windows 2000 y XP en mi P4 con dos discos duros, uno de 40 y otro de 80. Intenté instalar primero Windows 2000. Creé las particiones desde el menú de instalación del sistema operativo. Intenté instalarlo en C: (40mb), pero antes me exigía formatear también D: (80gb). El formateo va perfecto hasta el 100%, en el que me avisa que ha sido imposible formatear el disco y que éste puede estar dañado o ser SCSI. Sé que no es SCSi, y el scandisk que le hice posteriormente demostró que no estaba dañado.
La instalación, por lo tanto, se detiene y no puedo continuarla. Intentó instalarlo ahora en D:, pero me dice que debido al tamaño de la unidad tiene que formatearla como FAT32 (no sé si antes se estaba formateando como NTFS, porque no puedo seleccionarlo). De nuevo se detiene la instalación al 100% con el mismo mensaje de error. Me obliga a pulsar F3 y salir del menú de la instalación. En ninguna ocasión puedo formatear c:, porque siempre que lo intento, formatea antes D: y se detiene al 100%.
Mi siguiente paso es instalar XP, ya que no puedo instalar 2000. Me funciona sin problemas. Creo las particiones C:(40 gb) y D:(80gb), las formateo como NTFS rápido y se instala perfectamente. Intento instalar después el 2000, y no necesita formatear ninguno de los dos discos duros. Me pregunta si deseo dejar el formato de archivos como NTFS y le digo que sí, porque de lo contrario me formatea de nuevo las particiones. Termina la instalación del 2000 y cuando arranco el ordenador y selecciono XP, no arranca. Reseteo y elijo 2000 y sí arranca. Reparo la instalación de XP y ahora no me arranca 2000. Reparo después 2000 y no me arranca el XP. Siento el trabalenguas, pero intento abreviar para contar exactamente cómo paso.
Mi última idea fue crear una nueva partición con diskpart desde la consola de recuperación de XP e instalar allí 2000, pero no me dejó. Sé que el Windows 2000 que tengo está en buenas condiciones. Es original y lo he probado en otros equipos.
¿Podrías ayudarme e indicarme a qué se debe este problema? He pensado crear una partición con Partition Magic, pero no sé si me la reconocerá el 2000 en su menú de instalación. ¿Se debe quizás a NTFS? Espero que puedas ayudarme. Gracias.