Active directory: equipos en un solo dominio

Actualmente en mi red, todos los equipos están en un mismo dominio, lo cual se hace ya algo molesto, ya que el número de equipos incrementa cada vez más (alrededor de 200 ahora).
Antes trabajamos con s.o. Win9x, y no había problemas, ya que se podía dividir en grupos de trabajo, pero ahora estamos migrando los equipos a windows 2000/XP, y cuando se configura en un grupo de trabajo, se sale del dominio, y existen restricciones cuando se intenta acceder a servicios como el correo.
Tenemos un servidor windows 2000 advanced server, hasta donde se, hay que hacer algo en el active directory, pero no estoy seguro que.
Gracias por su ayuda.