Posiblemente al eliminar las unidades virtuales directamente desde el administrador de dispositivos, el registro de windows sigue buscándolas, y desiste de ello pasado cierto tiempo. Te recomendaría un programa limpiador de registro, pero para utilizarlo correctamente has de saber muy bien lo que eliminas. Estos programas te detectaran todas las claves inútiles del registro, y te da la opción de eliminarlas para un arranque optimo. El problema es que a veces se confunden, y si borras alguna clave que no sea inútil, puede producirte errores en windows. Un buen programa gratuito para conseguir esto es regcleaner, y puedes descargarlo desde aquí:
http://www.worldstart.com/weekly-download/archives/reg-cleaner4.3.htmTambién es recomendable que mires en el msconfig (botón inicio - ejecutar - msconfig) los programas que se están ejecutando al inicio de windows, en la pestaña "inicio", y desmarcar los que no sean necesarios (que los elimines de aquí no significa que los desinstales, unicamente, evitas que se ejecuten al inicio, y para utilizarlos, debes ejecutarlos tu mismo desde el menu de inicio)
Casos claros de programas que se autoinstalan para ejecutarse al inicio, y que no es necesario que lo hagan, son programas como cloneCD, winzip, messenger, y muchos otros.
Si no estas seguro de cuales desactivar de esta lista, dime la lista, y te indicaré para que sirve cada uno, y si es necesario tenerlos al inicio o no. (estos programas suelen crear iconos junto al reloj de windows, si tu lista es demasiado larga, el arranque se hace eterno)
Al reiniciar la primera vez, windows te indicará que estas arrancando en modo selectivo, aceptas, y marcas la casilla para que no te muestre nunca más este mensaje.
Con esto tu arranque mejorará muchísimo, y no dudes en preguntarme si te surge cualquier duda.
PD.: En caso de que no tengas muy controlado el tema de archivos espías y troyanos, y nunca hayas examinado este aspecto de tu ordenador, indícamelo, y te diré una buena solución para limpiar tu ordenador de este tipo de archivos que también perjudican mucho la velocidad de tu PC, ademas de la navegación por internet.