El problema es que fuiste infectado por un antivirus falso, te salen esas supuestas ventanas diciendo que tienes virus y después el supuesto antivirus que te lo elimina.
Te aconsejo que instales un antivirus de verdad, tienes muchos gratuitos como avast, avg, avira, etc. pero siempre descárgalo de su página oficial.
Escanéalo con un antivirus y si no se soluciona prueba con alguno en linea. También puedes probar con otras herramientas como un antispyware, antimalware, etc. busca en google uno gratuito, tienes varios.
Después es recomendable que le pases un programa que se llama ccleaner, para eliminar los restos que haya dejado. También hay otros como tuneup, glary utilities, etc.
Si sigue sin solucionarse puedes probar también a restaurar el sistema a un punto anterior, antes de que te salieran esas ventanitas (si recuerdas la fecha exacta), en inicio/ todos los programas/ accesorios/ herramientas del sistema y allí viene "restaurar sistema". Suele ser la solución.
Y si aun así sigue dándote problemas, no te quedaría otra que formatear. Pero a la próxima estate atendo e instala un antivirus en condiciones, actualízalo todos los días y también el sistema y ten un firewall activado.
Te dejo esto para más información, ya que es lo mejor que he encontrado y esta muy bien explicado:
http://www.forospyware.com/t5.html