En principio linux es un sistema bastante seguro si se sabe configurar bien, hay una excelente guía en esta dirección :
http://www.kriptopolis.com/segunix.htmlPero básicamente el quit de la seguridad se basa en tener bien configurado los permisos de los ficheros y tener configurados unicamente los servicios o demonios que necesites no más, ya que periódicamente se van encontrando fallos de seguridad en estos, para estar al día mira periódicamente estas webs:
http://packetstorm.securify.com http://www.securityfocus.comUna herramienta que te ayudará a tener tu sistema es comúnmente llamado
Cortafuegos o Firewall ( en linux la más popular para hacer esto es ipchains para kernels 2.2.x y iptables para 2.4.x ).
Para más información mira en :
http://netfilter.samba.orgEn cuanto a los virus y troyanos pues la verdad es que haberlos haylos pero sobretodo los virus son de muy reciente creación y es difícil que puedas tener problemas con ellos ( has de tener muy muy mala suerte, para toparte con uno, ya que la mayoría de ellos están hecho para Windows, a los cuales linux es inmune). En cuanto a los troyanos el tema es similar, es difícil que te puedan colar uno si es que tienes un firewall y no ejecutas ningún programa que te pasen por irc.
En le tema de seguridad podría llenarte más de 1000 hojas, pero esto es una explicación de los conceptos básicos.
Si deseas más información acerca de algunos de estos aspecto no dudes en preguntarme.
Un saludo y linux forevah ! ( Te recomiendo Debian es IM-PRESIONANTE :)) )