Hay dos respuestas: la cutre y la elegante. Yo te voy a esbozar la segunda, el resto depende de ti. En /etc/init.d (u otro directorio parecido) encontrarás una serie de ficheros: apache, mysql, network... son los scripts que el sistema ejecuta al arrancar. Puedes crear uno partiendo del modelo que te dan: cp skeleton mi_servicio Lo editas, y pones los comandos que te parezca. Ojo! Tienes que respetar el funcionamiento. Así, "mi_servicio start" arrancará el programa que quieras, "mi_servicio stop" lo parará, "mi_servicio reload" hará una recarga (si procede)... Cuando hayas acabado, puedes abrir el editor de runlevels y añadir tu servicio a los runlevel que quieras. Lo normal es que arranque al entrar en el 3 y en el 5, y pare al salir del 3 y del 5. Tienes también otra forma. Creo que los nuevos sistemas tienen un script llamado "boot" o algo así que puedes modificar para incluir tus propios comandos...