¿Por qué linux?

Efectivamente, el numero de aplicaciones existentes es superior en windows que en linux. Esto es debido a que linux es un sistema de código abierto, lo cual significa que es gratuito y la inmensa mayoría de apicaciones también lo son. Además, si las empresas quieren que su producto se venda, tienen que hacerlo en windows, dado que la mayoría de usuarios utilizan ese sistema operativo.
Pero el hecho de que el número de aplicaciones sea inferior, no significa que sea peor. La mayoría de aplicaciones que se desarrollan para windows terminan por no servir para nada (ademas del hecho de que existen muchas que hacen exactamente lo mismo que otras), por lo que no se puede considerar una perdida en ese aspecto.
Si generalmente realizas programación para webs, me imagino que generalmente utilizarás java en alguna de l as variantes. Para esas características tienes herramientas de lo más variadas y útiles. Si es de programación tienes el eclipse, que admite plugins y la red esta llenita de plugins adicionales para eclipse.
Por la parte gráfica, el tema esta más limitado, dado que el gimp es tan potente que nadie se mete mucho más adentro, excepto para video y similar, que tienes el mainactor y otros similares.
En definitiva, utilizar linux para el desarrollo no supone una perdida de tiempo ni de dinero, aunque por supuesto necesitarías invertir tiempo en el aprendizaje del sistema operativo y de las distintas aplicaciones que utilices, creo que finalmente verás un aumento en la productividad del desarrollo.
Yo utilizo linux en casa y en el trabajo para desarrollo de aplicaciones propietarias y de web y no me pasaría a windows por nada del mundo.