Respaldos

Lo más efectivo es servir esas carpetas por nfs o samba desde el propio servidor y hacer los respaldos desde allí.
Lo más simple es dejar un script en cada windows que haga el backup y mueva los ficheros al servidor para que este lo pase a cartucho o al medio que tenga asignado el backup.
Pero lo más simple y más efectivo es dejar el trabajo en manos de algún técnico cualificado.

Si quieres respaldar hosts windows por Samba puedes usar Amanda.

La forma más simple que tienes para hacerlo es con samba, aunque depende de la seguridad que tengas en la red también puedes utilizar rhosts.
1- Con samba tienes que compartir en los equipos windows los directorios que entren a formar parte de la copia de cada ordenador. A partir de ahí, leelos en el linux consiste en instalar y configurar samba para que acceda también y utilizar el comando "smbclient ${SERVICE} -Tc ${DIRHOST} ${DIR}", donde SERVICE es el hosts al cual se copia, DIRHOST son los ficheros a copiar y DIR el directorio destino. Una vez copiado en local puedes hacer un tar de todo ello y guardarlo donde quieras (CD, cinta DAT, ftp a otro ordenador, etc).
2- Con rhosts es más complicado, pero también más efectivo. En cada linux tienes que instalar las librerías de cigwin, que básicamente permite comando de linux. Después, en el servidor tienes que utilizar el comando rsync para traerte aquellos ficheros que quieres de la máquina y luego grabarlo todo a CD, cinta DAT, ftp, etc. La ventaja que tiene rhosts es que aquellos ficheros que no se han cambiado ni los trae, por lo que la copia se hace más rápida. La desventaja es que es más complejo de configurar.

Mmm puedes montar las carpetas en linux con samba y usar rsync o tar o lo que quieras, o usar algo como bacula www.bacula.org.
El servidor de bacula se instala en la maquina linux, y en los windows se instalan clientes de bacula que se conectan al servidor.