Reemplazar archivos .dll haciendo uso de un .bat

En general sería deseable preguntar de forma más concreta si se quiere una solución más adaptada a tu problema.
En los términos generales en que planteas el asunto yo probaría con:
@echo off
IF EXIST "c:\Archivos de programa" (
ECHO Existe la carpeta Archivos de programa
copy "c:\Archivos de programa\sefin\vm.dll" "c:\archivos de programa\Oracle\JInitiator 1.3.1.26\binhotspot\jvm.dll"
goto :fin)
IF EXIST "c:\Program Files" (
ECHO Existe la carpeta Program Files
copy "c:\Program Files\sefin\vm.dll" "c:\archivos de programa\Oracle\JInitiator 1.3.1.26\binhotspot\jvm.dll")
:Fin
Al escribir lo anterior se me ocurrió que tal vez tu único problema venga de confundir el separador "/" típico de Linux\Unix con el "\" típico de Windows.
Suerte, en todo caso.
Si sigues teniendo problemas, sigue con esta pregunta.
Saludos,
GGG

Me acabo de dar cuenta de que me "comí" una "j" en el nombre de origen de la DLL a copiar, pero supongo que ya lo habrás visto (he puesto vm.dll en lugar de jvm.dll).
GGG