Se me había escapado el tratamiento del ";", creo que fue un despiste. Copio aquí la información de ejecución en mi entorno de pruebas para que puedas comprobar que funciona, o eso creo. Si se me ha escapado algún otro detalle dímelo porque será sencillo de arreglar. El aspecto más "imaginativo" de este bat es la utilización del "=" como delimitador, porque creo que es la única forma de poder eliminarlos. He supuesto que en cada línea el número máximo de "=" es de tres. Si hubiera más habría que retocar el bat.
D:\BAT>type abdel2015.txt
251085656|686026115|587695317;926589270;|[NOMBRE]=Abdelfatah El hadi;[APELLIDO]=Elhadi
25109875|936487915|639374567;|[NOMBRE]=JOSE;[APELLIDO]=ARRA
251085656|686026115|587695317;926589270;|[NOMBRE]=Pepito;[APELLIDO]=PÚrez
25109875|936487915|639374567;|[NOMBRE]=JOSE;[APELLIDO]=ARRANZ
251085656|686026115|587695317;926589270;|[NOMBRE]=Abdelfatah El hadi;[APELLIDO]=Elhadi
25109875|936487915|639374567;|[NOMBRE]=JOSE;[APELLIDO]=ARRA
352645566|000000000|000000000;000000000|[NOMBRE]=Aabdel;[APELLIDO]=GALLEGO
380181544|000000000|000000000|[NOMBRE]=Gabdel;[APELLIDO]=Mabdel
380179434|000000000|000000000|[NOMBRE]=Jabdel;[APELLIDO]=BAbdel
380180352|000000000|000000000|[NOMBRE]=Pbdel CRISTINA;[APELLIDO]=Mabdel
380180252|000000000|000000000|[NOMBRE]=Abdel;[APELLIDO]=GAbdel
380181371|000000000|000000000|[NOMBRE]=Abdel;[APELLIDO]=Vabdel
362447042|000000000|000000000|[NOMBRE]=Abdel;[APELLIDO]=BEabdel
D:\BAT>type abdel.bat
@echo off
Setlocal EnableDelayedExpansion
del kkk.txt
for /f "tokens=1,2,3,* delims==" %%a in (abdel2015.txt) do (
set linea=%%a%%b%%c%%d
set linea=!linea:[NOMBRE]=!
set linea=!linea:[APELLIDO]= !
set linea=!linea:;=!
echo !linea!>> kkk.txt
)
REM copy /y kkk.txt abdel.xls
D:\BAT>abdel
No se encuentra D:\BAT\kkk.txt
D:\BAT>type kkk.txt
251085656|686026115|587695317926589270|Abdelfatah El hadi Elhadi
25109875|936487915|639374567|JOSE ARRA
251085656|686026115|587695317926589270|Pepito PÚrez
25109875|936487915|639374567|JOSE ARRANZ
251085656|686026115|587695317926589270|Abdelfatah El hadi Elhadi
25109875|936487915|639374567|JOSE ARRA
352645566|000000000|000000000000000000|Aabdel GALLEGO
380181544|000000000|000000000|Gabdel Mabdel
380179434|000000000|000000000|Jabdel BAbdel
380180352|000000000|000000000|Pbdel CRISTINA Mabdel
380180252|000000000|000000000|Abdel GAbdel
380181371|000000000|000000000|Abdel Vabdel
362447042|000000000|000000000|Abdel BEabdel
Primero listo (con "type abdel2015.txt") el abdel2015.txt construido, más o menos, a partir de tus dos ejemplos. A continuación listo (con "type abdel.bat") el bat, que incluye la línea que se me había olvidado para eliminar el ";". El mensaje "No se encuentra D:\BAT\kkk.txt" es normal porque inicialmente no existía y en el bat se hace un borrado previo. A continuación ejecuto (con "abdel") el bat anterior. Por último listo (con "type kkk.txt") el archivo auxiliar, que debe contener el abdel2015.txt pero con las modificaciones pretendidas. Una vez comprobado que funciona correctamente se le quita el "rem" a la última instrucción para que haga el copy de sustitución. Mientras tanto, se respeta el abdel2015.txt.
Por tanto, copia las líneas del abdel.bat a un archivo, asegurándote de que la línea del echo diga "echo !linea!>> kkk.txt" y no, como seguramente ocurre, "Echo ! Linea!>> kkk.txt". Y luego pruebas.
Si no funciona bien intenta hacer un pantallazo o algo para explicarme en qué falla.