No arranca en ms-dos

Hola amigo ingeniero51,
Tengo un problemilla con un equipo viejo, el cual he cambiado el disco duro. Necesito instalar w95, pero al intentar arrancar en ms-dos, comienza a leer el disquete pero se queda colgado en la pantalla donde aparece la configuración del sistema. He descubierto que si arranco con el disco duro desactivado, termina de leer el disquete y aparece en ms-dos(como yo deseo).
Imagino que el error está en el disco duro (ten en cuenta que he comprado un disco nuevo y no es comparable en capacidad al antiguo). Entiendo que no me reconozca toda la capacidad y que sólo me permita realizar particiones de menos de 2 Gb., pero que no arranque el disquete es algo con lo que no contaba.
Sé que es muy complicado que me des una respuesta, pero si pudieras orientarme un poco, me facilitaría bastante la tarea.
Gracias de antemano por tu desinteresada ayuda y recibe un cordial saludo