Ayuda en servidor SBS 2003

Expertos:
Necesito de su experiencia, tengo un servidor SBS2003, estoy teniendo problemas pues tengo una aplicación cliente servidor que hasta ayer estaba funcionando bien, pero ayer mismo instalaron en este servidor un sistema SAE Y NOI, ahora mi aplicación no esta corriendo, al parecer el haber instalado SAE Y NOI de alguna manera modifico la configuración de acceso al servidor, a lo mejor algún servicio, a lo mejor un puerto, o protocolo, no encuentro el problema ayúdenme no puedo ejecutar mi aplicación
Hector