Ayuda con archivo creado con el bloc de notas con dos versiones en la carpeta temp

Pues te diré que con lo que me cuentas no se pueden sacar muchas conclusiones. Entiendo que tenías un archivo de texto que normalmente abrías con el "Bloc de Notas" (el editor de texto simple incluido en Windows) y que ya no está donde solía estar.
Lo que has hecho es lo correcto, buscar en todo el ordenador archivos con el mismo nombre. Si aun así no lo encuentras, y tampoco está en la papelera, lamentablemente no hay mucho que puedas hacer.
Tal y como dices borrarlo accidentalmente sería difícil ya que al menos lo encontrarías en la papelera. Moverlo accidentalmente es más fácil ya que con solo arrastrar y soltar el archivo puede caer en otra carpeta, pero si ya lo has buscado y no está, descartamos esa posibilidad.
Con respecto a los accesos directos, hay un sitio en donde Windows guarda un acceso directo a los archivos recientes para que aparezcan dentro de "Documentos recientes" al abrir el menú de inicio. Otros varios programas pueden dejar un acceso directo en Temp, con el botón de la derecha del ratón sobre los accesos directos, vas a propiedades y te dirá a donde "apuntan" esos accesos directos, a lo mejor te da alguna pista.
Si el archivo era sumamente importante es posible que aun si lo has borrado se pueda recuperar, para ello debes dejar de utilizar el ordenador cuanto antes, y llevar el disco duro o el ordenador completo a una empresa o técnico especializado en recuperación de datos, desde ya te digo que suele ser un servicio bastante caro.
Si te sirve de consuelo todos perdemos algún archivo alguna vez, por eso es importante que realices de vez en cuando una copia de seguridad, en un DVD o una llave USB que conserves separada del ordenador.