Error al arrancar

Saludos aisberg, mira acá molestándote de nuevo, pues mira ayer tuve un
problema con mi maquina, resulta que al prenderla se congelo en el post
antes de cargar windows, por lo que tuve que resetearla. Al iniciarse de
nuevo mostró el menu de windows donde elegí "modo a prueba de fallos", y
en seguida apareció una ventana tipo el scandisk de dos avisándome que el archivo del sistema estaba dañado(pero no dice cual) y que windows restaurara una configuración anterior que no tenia problemas, y me pide que acepte y se reinicia solo.
Luego al iniciar aparece windows con una congiguracion mínima, como si recién
hubiera instalado windows, por lo que reinicie en modo dos y ejecute el
scanreg/restore y es allí donde pude escoger una configuración anterior que había guardado y que estaba sin errores, inicie y la maquina arranco como siempre, de lo más normal.
Pero poco después al encenderla arranco normal pero salio un mensaje advirtiendo que existían errores en el registro y me pedía que acepte su sugerencia de restablecer el registro con una configuración anterior, acepte pero se inicio con la configuración que antes te había mencionado. Entonces se me ocurrió que con una reinstalada se solucionaría todo. No se si lo que hice es lo más correcto, me podrías explicar por que paso este problema, ¿que pudo provocarlo, ¿qué solución me darías en caso vuelva a ocurrime y como lo evito?.
Te diré que tengo win98se, 64 de ram, procesador Pentium 350 mhz, placa
integrada Bxpro con sonido y video. Solo tengo instalado programas básicos.
como office 2000,antivirus, norton utilities, acrobat reader,regcleaner, audiocatalyst,
winamp y winzip.
hojala que me puedas ayudar, gracias de antemano....