Memoria en Win Me

Probablemente cambiaste alguna configuración de la memoria virtual. Si es esto: Click derecho en "Mi PC", click izquierdo en "Propiedades", click izquierdo en "Rendimiento", click izquierdo en "Memoria Virtual" y finalmente seleccionar "Permitir que Windows administre la configuración de memoria virtual.
La otra opción, menos probable eso sí, es que tus recursos GDI y USER sean muy bajos porque cargas muchos programas al inicio. Generalmente los programas que se cargan al inicio están junto al reloj en la barra de tareas, intenta manter sólo los programas estrictamente necesarios ahí: antivirus, muro de fuego y nada más.
Demás está decir que Windows Millenium Edition administra la memoria en forma decepcionante. Te recomiendo usar Windows 98 de Segunda Edición que funciona mejor y más rapido que Win ME.
Con respecto a tu segunda consulta lo que creo que te sucede es que las ventanas se abren pequeñas, y no minimizadas como dices tú, a lo que creo no hay solución.

Para tener más recursos (memturbo no libera recursos sino ram)
Te recomiendo desactivar cualquier tipo de aplicación que no uses del inicio de sistema (las que aparecen al lado de la hora y las que no aparecen)
Para ver que se ejecuta en tu pc entra en programas>accesorios>herramientas del sistema>Información del sistema
Después entra en Herramientas > Configuración de sistema y ahí en la parte de inicio para ver que es lo que se ejecuta al iniciar la pc, si quieres que algo no se ejecute lo destildas y listo, siempre tienes la posibilidad de habilitarlo después si algo sale mal
En cuanto al tmaño de la ventana abrí una ventana nueva, pone cualquier dirección abrí con el click derecho una ventana nueva, cambiale el tamaño hasta que quede como vos quieres, cerra la primera ventana y después la segunda, después va a quedar con el tamaño que le diste, las ventanas del explorador guardan el tamaño que tenían al cerrar la ultima ventana
Cualquier duda me avisas.
Suerte

Según lo que me cuentas, ¿lo más seguro es que tu windows haya sufrido
algún desperfecto en alguna librería
no instalaste o desinstalaste algún programa antes?
Lo que más te recomiendo antes de seguir viendo lo de la memoria
es que reinstales tu sistema operativo sobre esa misma instalación sin formatear tu disco
solo reinstálalo
saludos
cualquier cosa aquí estoy

Espero que no te resulte un poco chocante, pero según mi experiencia el windows Me simplemente es incapaz de administrar los recursos de ninguna máquina con las que he tenido la desgracia de toparme y este se encontraba instalado, si has sido usuario de alguna versión anterior de windows te aconsejo encarecidamente que vuelvas a ella.
Pese a todo un fallo muy común, en cuanto a la pérdida de memoria se refiere, se encuentra en que tenemos demasiados programas que se ejecutan automáticamente al iniciar Windows, esto consigue que tengamos como en multitarea una gran cantidad de programas, que, por supuestos consumen memoria y recursos, procura deshacerte de aquellos que no necesitas (recuerda que no es imprescindible tenerlos ejecutados constantemente para poder usarlos, puedes ejecutar el programa en el momento de utilizarlo). También tenemos que tener en cuenta que si instalas y desinstalas una gran cantidad de programas, esto hará que windows cada vez funcione más lento, yo aconsejo que al sentir los primeros síntomas de lentitud se formatea la unidad en que tenga innstalado windows y después reinstalarlo.
Pese a todo le reitero mi consejo inicial, desagase del windows Me, no conozco a nadie que le funcione en condiciones. Si el PC se encuentra en su casa e instala juegos y ese tipo de cosas le aconsejaría el windows 98 o el XP y si en para una empresa te aconsejaría el 2000, sobre todo por la capacidad de control sobre la máquina que este posee.